繼環保署使用Gmail作為內部工作平台後，科技部也可能跟進，但台大電機系教授林宗男、長榮大學數位創作學程系主任吳作樂等學者質疑，使用美國Gmail系統，將可能洩露國家重要資訊。對此，Google回應，Google一直致力保護使用者的隱私與上網安全。Google Apps擁有領先業界的安全功能，其中包括自動預設的安全資料傳輸層 (SSL) 加密功能。
被點名的科技部也公開對外說明，將就使用者介面、產品服務、支援、成本各方面評估，資安也是評估的重要因素之一，外界提到的Gmail僅是評估選項之一，其他還有微軟的Office 365、國內業者網擎的Mail 2000等。
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