本研究的目的在於運用資料包絡分析法（Data Envelopment Analysis）與Free Disposal Hull來分析七所市立綜合醫院８７－８９年度經營績效，並比較二者之效率區別能力。另外，亦採交叉效率模式來找出最佳營運績效醫院。本研究提出四個績效評估模式，分別用以分析醫院總體營運效率、醫療效率、人力效率與收入效率。研究發現：１．萬芳（８８－８９）、中興、婦幼、忠孝與陽明四所醫院（８９）有總體經營效率，七所醫院89年度均達最適生產規模大小；２．平均而言，無效率醫院在醫療產出部份有相當大的改善空間，在投入部份則較少；３．經與DEA作比較，FDH模式會發覺許多醫院變為有效率，顯示FDH的效率區別能力較差，無法找出真正有效率醫院；４．公辦民營醫院較公家醫院有營運績效；５．中興、婦幼、陽明、和平、與仁愛（８９）有醫療效率；萬芳（８８－８９）、中興、婦幼、忠孝、仁愛與和平五所（８９）有收入效率；中興、仁愛、陽明與婦幼醫院（８９）有人力效率；６．最佳總體營運績效醫院為婦幼醫院（８９）；與７．高醫療效率的醫院均有高人力效率與高收入效率。最後，本研究提出改善建議，以提供主管機關政策制訂及市立醫院內部經營管理之參考。