兩稅合一制度實施前，營利事業所得稅以營利企業為課稅對象，企業分配的盈餘不得做為費用，並針對所分配的盈餘（如股利）對股東課徵綜合所得稅，導致同一所得來源卻重複課稅的不合理現象。相對地，公司舉債所支付的利息得做為費用，可於稅前扣抵，減輕營利事業所得稅負，致使企業利用利息的稅盾效果，多以舉債而不增加投入資本的方式籌資，因而過度使用財務槓桿。實施兩稅合一稅制後，股東所獲配的股利中含有扣抵稅額，可降低股東稅負，消弭重複課稅問題。因此，預期該稅制的推行將有助於健全公司的資本結構，減少舉債之風險，達到擴大股市規模的政策目標。
本研究目的乃在探討兩稅合一制度是否達到降低企業負債比率的目標，以供日後稅制改革的參考。由於負債利息具有稅盾效果以及考量我國企業「以短支長」的舉債特性，本研究將資本結構定義為短期及長期付息負債比率，並將支付利息負債扣除現金與短期投資後，以淨負債比率來代理公司實質的債務負擔。實證結果顯示，兩稅合一制度的實施並無法達到降低企業負債比率的目標。此外，該稅制對產業別負債比率變動影響的實證結果發現，高科技產業之負債比率的降低程度反而大於一般產業。探究其原因可能是實施兩稅合一後，恰巧金融機構紛紛調降存放款利率，導致利息負擔減低。另外，除了資金成本之考量外，增加企業價值也是公司選擇融資組合的重要依據。倘若企業正處於積極的財務槓桿狀態，亦即舉債經營較為有利，基於企業價值極大化的考量，企業不但不會降低負債比率，反而可能增加舉債程度。故單靠稅制的修訂，尚不足以發揮改善企業資本結構的效果。況且，兩稅合一制度雖具有減稅的美意，但因計算繁雜，造成稅制的複雜性，不僅企業遵循成本高，也造成主管機關稽徵的困難。尤其是對未分配盈餘加徵10%營利事業所得稅，更提高企業保留自有資金的成本，相對地增加對舉債的依賴。故簡化稅制的複雜性與改善不合理的規定，應是未來改革兩稅合一稅制的方向。